El trabajo de la Unidad de Genómica del CNIC contribuye en proyectos de investigación liderados tanto por grupos del CNIC como de otros centros, dentro y fuera de España, entre ellos:
- Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO). Madrid
- Fundación para la Investigación Biomédica Hospital U. La Princesa. Madrid
- Fundación para la Investigación Biomédica Hospital U. Ramón y Cajal. Madrid
- Fundación para la Investigación Biomédica Hospital U. Gregorio Marañón. Madrid
- Fundación para la Investigación Biomédica Hospital U. La Paz. Madrid
- Fundación para la Investigación Biomédica Hospital U. Fuenlabrada. Madrid
- Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz. Madrid
- Instituto de Investigación Sanitaria Biodonostia. San Sebastián, Gipuzkoa
- Centro Nacional De Microbiología ISCIII. Madrid
- CSIC- Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa". Madrid
- CSIC- Real Jardin Botánico. Madrid
- CSIC- Centro Andaluz de Biología del Desarrollo. Sevilla
- CSIC- Centro Nacional de Biotecnología (CNB). Madrid
- Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA). Pamplona, Navarra
- Fundació Bosch i Gimpera. Universitat de Barcelona
- Universidad Autónoma de Madrid
- Universidade do Algarve. Portugal
- Universidad Pablo de Olavide. Sevilla
- Universidad de Jaén
- Ankara University. Turquía
- Universidad de Santiago de Compostela- Centro Singular de Investigación en Medicina Molecular y Enfermedades Crónicas (CiMUS).
- Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine. Hamburg, Alemania
- Institut National des Sciences Appliquées (INSA). Toulouse, Francia
- Généthon. Francia
- Expedeon. Madrid