Ignacio Flores se licenció en Ciencias Químicas por la Universidad Complutense (UCM) de Madrid, doctorándose en Bioquímica por la misma Universidad. Su tesis, realizada en los laboratorios de F. Mollinedo (CIB) e I. Mérida (CNB), se centró en el estudio de los mecanismos de transducción de señales activados por segundos mensajeros lipídicos.
Como investigador postdoctoral, Ignacio trabajo en primer lugar en el laboratorio de G. Evan, en la Universidad de California San Francisco (UCSF), donde analizó el proceso de la tumorigénesis inducida por Myc en modelos animales. Posteriormente volvió a España para trabajar con María Blasco en el Centro Nacional de investigaciones Oncológicas (CNIO) donde ha investigado la función de los telómeros y la telomerasa en diversas poblaciones de células madre en procesos de cáncer y envejecimiento.
Ignacio se incorporó al CNIC en 2009.
