Simón Méndez-Ferrer se licenció en Ciencias Biológicas por la Universidad de Sevilla en 1998 y se doctoró en la misma universidad en 2004. En su trabajo de tesis doctoral, llevada a cabo en el Departamento de Fisiología Médica bajo la dirección de José López-Barneo y Juan José Toledo-Aral, caracterizó propiedades del cuerpo carotideo de interés potencial para planear estrategias terapeúticas en procesos neurodegenerativos basadas en la liberación biológica de catecolaminas y factores neurotróficos. Su trabajo posdoctoral en el laboratorio de Paul S. Frenette en Mount Sinai School of Medicine (Nueva York, 2006-09) demostró que el tráfico de células troncales hemopoyéticas entre la médula ósea y la sangre está regulado por ritmos circadianos y determinó los mecanismos subyacentes. Su trabajo posterior como Assistant Professor en Mount Sinai School of Medicine (2009-10) identificó células troncales mesenquimales autorrenovables utilizando la expresión de la nestina y determinó su papel clave en el nicho hemopoyético.
Simón se incorporó al CNIC a finales de 2010 y su trabajo está financiado a través del Programa Ramón y Cajal.